抗性研究大揭秘！RNA-seq與ChIP-seq聯(lián)手，解讀肝臟p53的抗輻射秘籍

　　近日，在生物學(xué)領(lǐng)域中，科研人員對RNA-seq和ChIP-seq兩大超級巨星聯(lián)手，解讀出隱藏在DNA中的秘密信息，發(fā)現(xiàn)了肝臟p53在抗輻射方面的獨(dú)特之處。p53基因就像是一個(gè)強(qiáng)大的指揮官，通過調(diào)控其他基因的表達(dá)，幫助抵抗輻射的侵害。這種奇妙的機(jī)制，讓我們不禁感嘆生命的神奇和偉大！

　　相關(guān)研究成果以“In vivo RNA-seq and ChIP-seq analyses show an obligatory role for the C terminus of p53 in conferring tissue-specific radiation sensitivity”為題發(fā)表在《Cell Reports》期刊（IF 8.8）。

　　　　研究要點(diǎn)：

　　RNA-seq和ChIP-seq顯示p53輻射反應(yīng)具有共有性和組織特異性

　　肝臟p53靶向凋亡靶基因，但不能調(diào)控其表達(dá)

　　p53C末端抑制肝細(xì)胞凋亡基因，具有放射抗性

　　p53C末端是肝臟特異性基因?qū)�輻射反�?yīng)所必需的

　　　　材料方法：

　　樣本處理：對21日齡不同基因型C57/Bl6小鼠進(jìn)行2Gy精密X射線照射。X光照射的小鼠和年齡匹配的未受照射的對照小鼠在籠中保持3h。稱重21日齡不同基因型C57/Bl6小鼠，在PBS（10μg/g體重）或PBS中腹腔注射100μl阿霉素。

　　方法：RNA提取、qRT-PCR、RNA-seq、ChIP-seq、TUNEL（通過標(biāo)記核酸末端檢測DNA片段）、免疫印跡。

　　　　研究結(jié)果：

　　1、DNA損傷誘導(dǎo)小鼠胸腺和脾臟的p53依賴性細(xì)胞凋亡，但不誘導(dǎo)肝臟凋亡

　　2、X射線誘導(dǎo)p53直接轉(zhuǎn)錄靶標(biāo)的共同核心集

　　3、肝臟p53無法上調(diào)凋亡基因

　　4、無法上調(diào)肝臟中的p53凋亡靶點(diǎn)不是由于基因占用減少

　　5、肝臟p53靶基因表達(dá)缺陷有兩種機(jī)制

　　6、p53的C末端阻止肝臟中p53細(xì)胞凋亡靶標(biāo)的上調(diào)

　　7、p53的C端阻止X射線誘導(dǎo)的肝臟凋亡

　　關(guān)于易基因染色質(zhì)免疫共沉淀測序(ChIP-seq)

　　染色質(zhì)免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation,ChIP），是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的經(jīng)典方法。將ChIP與高通量測序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq技術(shù)，可在全基因組范圍對特定蛋白的DNA結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行高效而準(zhǔn)確的篩選與鑒定，為研究的深入開展打下基礎(chǔ)。

　　DNA與蛋白質(zhì)的相互作用與基因的轉(zhuǎn)錄、染色質(zhì)的空間構(gòu)型和構(gòu)象密切相關(guān)。運(yùn)用組蛋白特定修飾的特異性抗體或DNA結(jié)合蛋白或轉(zhuǎn)錄因子特異性抗體富集與其結(jié)合的DNA片段，并進(jìn)行純化和文庫構(gòu)建，然后進(jìn)行高通量測序，通過將獲得的數(shù)據(jù)與參考基因組精確比對，研究人員可獲得全基因組范圍內(nèi)某種修飾類型的特定組蛋白或轉(zhuǎn)錄因子與基因組DNA序列之間的關(guān)系，也可對多個(gè)樣品進(jìn)行差異比較。

　　　　應(yīng)用方向：

　　ChIP 用來在空間上和時(shí)間上不同蛋白沿基因或基因組定位

　　轉(zhuǎn)錄因子和輔因子結(jié)合作用

　　復(fù)制因子和 DNA 修復(fù)蛋白

　　組蛋白修飾和變異組蛋白

　　　技術(shù)優(yōu)勢：

　　物種范圍廣：細(xì)胞、動物組織、植物組織、細(xì)菌微生物多物種富集經(jīng)驗(yàn)；

　　微量建庫：只需5ng以上免疫沉淀后的DNA，即可展開測序分析；

　　方案靈活：根據(jù)不同的項(xiàng)目需求，選擇不同的組蛋白修飾特異性抗體。

　　易基因提供全面的表觀基因組學(xué)（DNA甲基化、DNA羥甲基化）和表觀轉(zhuǎn)錄組學(xué)（m6A、m5C、m1A、m7G）、染色質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能組學(xué)技術(shù)方案（ChIP-seq、ATAC-seq），詳詢易基因：0755-28317900。

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